В този момент от живота си Че не приема възможността да се върне в родината си Аржентина и вместо това заминава за Мексико. Там се среща с Фидел Кастро и се присъединява към движението му, чиято цел е да свали авторитарното правителство в Куба. В началото идеята е Че да е военен лекар, но в крайна сметка той се включва във военните действия.

По време на Кубинската революция Че Гевара става уважаван от всички „команданте”, като същевременно си спечелва името на безмилостен военен, който не се притеснява да екзекутира дезертьори, предатели и шпиони.

След като Кастро взима властта в Куба, Че Гевара е обявен за кубински гражданин. Междувременно дългата раздяла със съпругата му се оказва достатъчна причина той да поиска развод и да се ожени за кубинката (това не е обувка!) Алейда Марч, която също принадлежи към движението на Кастро. Безмилостната страна на характера на Че се проявява отново – в екзекуциите без съд и присъда на доста от приближените на предишния режим (според някои източници става дума за няколкостотин екзекуции). Революционният патос продължава да живее у него и той отказва заплатите, на които има право като част от кубинската власт. Настоява да живее със скромната заплата на военен, за да служи за революционен пример.

Че Гевара играе важна роля в донасянето на ядрените ракети от СССР в Куба, което води до Кубинската ядрена криза през октомври 1962. Няколко седмици след разрешаването на кризата Че Гевара казва в интервю за британски вестник, че ако ракетите са били под кубински контрол, Куба е щяла да ги изстреля срещу САЩ. Сам Ръсел – журналистът, провел интервюто, – си тръгва от срещата с Че със смесени чувства. От една страна, смята Ернесто за изключително интелигентен човек с топъл характер, от друга го мисли за луд заради отношението му към ядрените ракети.

През 1964 и 1965 Че Гевара обикаля доста държави – говори пред ООН в Ню Йорк, посещава Париж, след това Китай, Египет, Северна Корея, Алжир и много други. През цялото време говори срещу империализма и в защита на социализма.

Въпреки това...